연두고등학교는 "명당"자리에 위치한 학교였으며, 과거 6.25 전쟁 당시 병원으로 사용된 토지였다. 그리고, 이 때 풍수의 기운이 뒤틀리며 병원에 있던 환자들이 죽어가는 일이 발생했고, 전쟁 후 토지 복구과정에서 병원의 토지 및 건물이 학교의 토지와 건물로 사용되게 된다. 이후, 학교는 5개의 나무부적을 만들고 뒤틀린 풍수의 기운을 억누르기 위해 각 건물마다 강력한 결계를 치게 된다. 다행히도 건물 안에서 사람이 죽어나가는 일은 없었으나, 과거부터 존재했던 영들은 학생들에게 들러붙어 그들의 기를 빨아먹으며 연명했고, 그 영들은 결계 때문에 학교밖으로도 나가지 못하는 수준에 이르른다. 시간이 상당히 흐른 지금, 그 영들의 분노가 결계를 파괴할 정도로 커져만 갔다.

게임상의 현재인 1998년. 성아에게는 나영이가 있었다. 성아는 지병인 천식으로 몸이 많이 약했고, 나영이는 그런 성아를 여러 방면으로 도와주었다. 그리고 3월 13일, 성아와 나영이는 가정실습실에서 밤에 만나기로 했으나, 원인 불명의 화재로 나영이를 끝까지 기다리던 성아는 죽고만다. 게임 상에서 통화내용이 녹음된 테이프를 들을 수 있는데 이게 상당히 소름돋는 부분이다. 처음에는 신음소리인 줄 알았으나, 나중에 원본 테이프를 구해서 재생했을 때의 그 충격이란...

(동영상 설명 : 소영/성아 전화통화)

죽은 성아는 나영이 때문에 죽었다고 생각했고, 학교의 결계에 갇히고 + 악령들의 분노에 의해 나영이를 괴롭히게 된다. 안그래도 성아가 자신 때문에 죽었을지도 모른다고 생각했던 나영이는 그러한 일로 많이 괴로웠고, 성적도 많이 떨어지게 되는데. 한 해가 지난 1999년. 음악선생님이 새로 부임해오고 이 음악선생님은 토지의 기운을 눈치채고 자신의 영적 연구에 이용하기 시작한다. 그 영적 연구란, 바로 죽은 자를 되살리는 것이었다. 몇몇 제물과 결계를 파괴할 사람, 그리고 영혼을 소환할 사람. 이 세가지가 조건을 이루고 있었다. 죽은 성아는 음악선생님을 졸라 자신을 부활시켜달라고 했다. 죽은 성아는 나영을 제물로, 자신을 잃어 슬퍼하는 어머니인 은미(은미아줌마)를 소환자로 선택했다. 성아는 나영이를 전화로 협박하여 학교로 불러들이는데까지 성공했다.그러나, 은미 아줌마는 소환하는 힘을 이기다못해 미쳐버리고 학교를 떠돌게되며, 나영은 학교에서 목을 매어 자살하게된다. 게임 내에서 학교를 배회하는 나영이 귀신과 강당에서 미쳐 소리치며 날뛰는 은미 아줌마를 볼 수 있다.

2000년이 되고 성아는 죽은 나영이의 동생인 소영이가 학교에 입학했다는 사실을 알게 되고, 자신을 다시 부활시키려 한다. 음악 선생님께 접근하여 다시 시도를 하였으나, 일전의 그 사건 때문에 나영이가 죽고 은미 아줌마도 미쳐버린터라 큰 죄책감을 가지고 있었다. 그리고 자살한다. 그래서성아는 소영이의 주변을 맴돌고만 있었으나, 소영이는 성아를 볼 수 없었고, 이듬해 2001년 3월 13일, 성아는 마지막 기회를 붙잡게 된다.

게임이 시작되는 2001년 3월 13일 밤 10시. 다시 부활하려는 성아에게 난데없이 주인공이 나타난다. 그리고 이를 이용한 성아는 각 결계들을 천천히 깨도록 주인공을 인도한다. 그리고, 플레이어의 선택지에 따라 7개의 엔딩이 나뉘어진다. 

• White Crysanthemum (소영 해피 엔딩) 하얀 국화.(진실)
• 마지막에 미궁이 붕괴되는 상황인 'DEVIL 맵' 에서 쓰러진 소영을 안아들고 탈출구 까지 가면 된다. 학교에서의 일들이 끝나고, 주인공에게 감사를 전한다. 어느정도 분위기가 살며 둘이 입맞춤을 하는가 싶더니만, 부끄러운지 소영이는 갑자기 지현이를 찾아야 한다며 학교로 돌아간다.
  게임 진행중 중간에 소영의 엉덩이를 절대로 만지지 말것. 최고 호감도에서 나오는 엔딩이기에 한번이라도 미운털 박히면 바로 다른 엔딩으로 샌다. 방송실에서 "방송실을 조사해본다" 선택. 소영이에게 좋은 말만 해야 한다. 이 게임에서 일어나는 일들에 대한 모든 비밀이 밝혀진다. 노말에서 이 루트로 모든 콜렉션 아이템을 다 모으고 깨면 하드와 왕리얼, 코스튬이 개방된다. 하드에서 이 엔딩 + 패키지 다 모으고 깰 경우 수위변장모드가 개방.
  유저들이 제일 좋아하는 엔딩. 고생한 주인공이 학교를 돌아볼 때, 오프닝에 쓰인, 즉 소영이를 만났을때 쓰인 동물원의 '기억 속으로'가 깔리며, 소영이와의 사이가 좀 더 가까워짐을 알린다. 해가 뜨고있는 학교를 배경으로 성아에 대한 소영의 독백을 들을 수 있다. 그리고 주인공에게 이 말을 하며 엔딩은 끝이 난다. "넌…내가 평생 기억하게 될 것 같다."

• Hyacinth (소영 배드 엔딩) 자줏빛 히아신스.(나를 용서해줘)
  소영이 엔딩 루트로 진행하다가 붕괴되는 미궁에서 로맨스고 뭐고 다 때려치우고 죽고 싶지않다는 일념하에소영을 버려두고 혼자서 탈출하여 살아남으면 된다. 탈출한 주인공은 일어나서 주위를 둘러보다가 학교 창문으로 검은 형체의 누군가(나영이)가 노려보고 있음을 인식하고 이내 도망치기 시작한다. 나무귀신의 웃음소리 부분이 울려퍼지면서 화면이 페이드아웃 된다. 밑도 끝도 없이 찝찝한 엔딩이긴하나 엔딩 꽃말에서 느껴지는 죄책감과 아무것도 하지 못하고 도망치는 무력한 주인공의 모습이 가장 코즈믹 호러스러운 결말이기도 하며, 엔딩곡인 팔로비나와도 잘 어울리기에 이 엔딩을 선호하는 플레이어들도 간혹 있는 듯.

• Ivy (지현 해피 엔딩) 담쟁이 넝쿨.(우정)
  방송실에서 "성아를 쫓아간다" 선택. 지현이에게 좋은 말. 강당에서 "지현이의 상처를 돌봐 준다" 선택. 강당에서 부상당한 지현이를 돌봐주며 지현이가 주인공에게 기대며 게임은 끝난다.

• Tuberose (성아 해피 엔딩) 튜베로즈. (위험한 쾌락)
  성아 해피지만 소영은 배드. 나무귀신을 깬 뒤 얻는 플레이어 소지시 엔딩 때 음악과 숨겨진 엔딩이 있다. 방송실에서 "성아를 쫓아간다". 성아 엔딩이니 성아에게 좋은 말만. 강당에서 "다른 애들을 찾아본다".
  처음 성아는 쌀쌀했지만, 만날 때마다 조금씩 싹싹해져 엔딩에선 주인공에게 엄청 싹싹하게 대하며 주인공을 걱정해준다. 크레딧이 오르고, 엔딩은 계속되는데, 성아와 함께 학교를 나가는 주인공이 학교를 돌아본다. 주인공은 아무것도 보지 못하지만, 그곳에는 소영이가 구해달라고 소리를 치고 있다.추측하면, 화의부적 획득시점부터 두사람의 영혼은 바뀌었다고 볼수있다. 소리치는 소영 옆에는 주인공을 도와주던 소복귀신이 소영이를 지켜보고 있다. 소영은 소복귀신을 보며 "언니..." 라고 말을 한다. 이에 체념한 듯, 소영은 흐느끼며 서서히 사라진다.
  주인공은 무슨 소리가 들린듯 돌아보지만, 그곳에는 아무도 없었다. 이에 다시 주인공은 걸음을 재촉하고, 성아는 뒤에서 주인공을 바라보며 게임은 끝난다. 진실을 알고 보면, 꽃말이 정말 다가오게 되는 엔딩.

• Ebony (성아 노말 엔딩) 흑단목. (위선, 암흑)
  방송실에서 "성아를 쫓아간다". 성아에게 말 아무렇게나, 강당에서 "다른 애들을 찾아본다". 성아가 주인공에게 "그리고 너.. 정말 바보야."라고 넌지시 말하는데, 이유는 소영 루트를 공략할 시 알게된다.

• Dandelion (소영 노말 엔딩) 민들레. (성실, 행복)
  소영이를 미궁에서 살려서 데려오면 된다. 다시 말하지만, 소영 해피엔딩 보려면 엉덩이를 만지거나 수그려서 팬티를 보지 말 것. 게다가 두 행동을 함부로 하다가 그녀에게 맞아 죽을 가능성이 농후하다.
  소영이와 함께 운동장에서 깨어나고, 소영이는 어디론가 향하면서 게임은 끝난다. 마지막에 아직 모두 끝난 건 아니라는 듯, 여자의 곡소리가 뒤에 깔린다.

• Althea (지현 노말 엔딩) 접시꽃. (사랑에 지침)
  방송실에서 "성아를 쫓아간다". 지현이는 신경 안 써도 된다. 강당에서 "지현이의 상처를 돌봐준다". 성아가 강당으로 오면서 지현이와 함께 가는데, 성아가 마지막으로 주인공을 노려보고, 무언가 끝나지 않았음을 시사한다.

(스토리 출처 : https://namu.wiki/w/화이트데이: 학교라는 이름의 미궁)